中国中医科学院广安门病理科承担本院临床病理诊断与科研工作。近三年来共参与国家自然科学基金20项，北京自然科学基金5项，所级课题6项。病理科现有工作人员10名，其中诊断医师4名，技术人员6名；工作面积188平方米。目前，开展项目包括常规组织病理学检查与诊断、冷冻切片病理学检查与诊断、组织/细胞原位杂交检查及诊断、全自动免疫组织化学及免疫荧光检查与诊断、特殊染色、数字病理全切片扫描工作。病理科配备10万元以上设备20余台（套），包括全自动数字切片扫描系统、全自动免疫组织化学染色系统、全自动脱水机、包埋机、组织及玻片书写仪、常规石蜡组织切片机、冷冻切片机、全自动染色封片一体机、荧光原位杂交仪、荧光显微镜及光学显微镜等。目前，平均每年完成各项病理检查18000余例，其中组织学标本8000余例，免疫组织化学染色3000余张，妇科液基细胞学5000张左右，人乳头瘤病毒检测5000余例。
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